Метод 1С Массив.Очистить() удаляет из массива все «ячейки» со всеми значениями. Аналогичен пересозданию массива.

Разница:

Метод 1С Массив.Очистить() – память, занятая процессом Windows 1cv8.exe не освобождается, но (!) используется повторно (добавление новых элементов после очистки не повысит требования памяти).
мЗначений = Новый Массив(3);
мЗначений.Очистить();

При пересоздании массива – память, занятая процессом освобождается сразу.
мЗначений = Новый Массив(3);
//используем массив
мЗначений = Новый Массив(3); //в этой строчке мы пересоздаем массив, старый «исчезает»

Пример работы 1С Массив.Очистить():
мЗначений = Новый Массив();
мЗначений.Добавить(10);
мЗначений.Добавить(20);
мЗначений.Добавить(30);
Сообщить( мЗначений.Количество() ); //3 элемента массива
мЗначений.Очистить();
Сообщить( мЗначений.Количество() ); //0 элементов массива

мЗначений = Новый Массив(3);
Сообщить( мЗначений.Количество() ); //3 элемента массива
мЗначений.Очистить();
Сообщить( мЗначений.Количество() ); //0 элементов массива (т.е. удалены значения, определенные при создании)