Метод 1С СписокЗначений.Удалить(НомерЯчейки) удаляет новое значение и «ячейку» в которой оно хранилось из массива. Все ячейки после нее сдвигаются в номере -1.

1С СписокЗначений.Удалить позволяет удалить ячейку по номеру (параметр – число, номер/индекс элемента), или передав в параметре сам элемент.

Удаление по индексу (номеру) с помощью 1С СписокЗначений.Удалить:
спЗначений = Новый СписокЗначений();
спЗначений.Добавить(10);
спЗначений.Добавить(20);
спЗначений.Добавить(30);
//здесь массив выглядит так: 10, 20, 30
спЗначений.Удалить(1);
//здесь массив выглядит так: 10, 30

Другой способ – в качестве параметра указать не номер ячейки, а сам элемент (внимание – не значение элемента, а сам элемент!), с помощью 1С СписокЗначений.Удалить: